Более полустолетия находясь под Державой Российскою, Астрахань наслаждалась спокойствием и мирной жизнью, но в начале XVII века Русское государство испытало тяжелейшее потрясение, поставившее его на грань национальной катастрофы. Данный промежуток времени, получивший в Российской истории название «Смутное время» или просто «Смута», характеризуется стихийными бедствиями, польско-шведской интервенцией, народными восстаниями и тяжелейшим политическим, экономическим, государственным кризисом.
Осенью 1604 года царевич Дмитрий (Лжедмитрий I - Григорий Отрепьев) вступил в пределы Московии, заручившийся поддержкой донских казаков. После утверждения Дмитрия в Москве «и Астрахань и Терки... крест целовали вору расстриге». Но Архиепископ Феодосий, уверенный в кончине Царевича, не смотря на угрозы раздраженного народа, лишить его жизни, торжественно объявил жителям города Астрахани, что Дмитрий самозванец. Дом Архиерейский был разграблен, а Феодосия под стражей отправили в Москву для представления разстриге.
Между тем возмущение в Астрахани не утихало. После смерти Лжедмитрия I, Донские казаки, худо вознагражденные за усердие к обманщику, вступили в сообщество с Терскими сотоварищами. Восстание в Астрахани было направлено не только против дворян, но и против торговых людей. Толпы народа начали громить торговые лавки. Движущей силой восстания была беднейшая часть горожан (холопы, ярыжки, работные люди), кроме того, в восстании активно участвовали стрелки и казаки. Среди восставших не было строгой дисциплины, поэтому они были разгромлены.
Тем временем на престол взошел Василий Шуйский, которого Астрахань не признавала.
В 1607 году Астраханские жители пристали к мятежу против нового Властителя. Астраханский край превратился в питомник самозванцев. Здесь объявились «царевич Август, потом князь Иван Хворостинин сказался сыном Грозного и Колотовской; там же появился третий «царевич» - Лаврентий, сказался внуком Грозного.
В 1608 году, после уничтожения самозванца Тушинскаго, потерпев поражение в порубежных городах южной России, к Астрахани устремился И. Заруцкий с дважды вдовой Мариной Мнишек и царевичем Иваном Дмитриевичем, сыном Марины.
Атаман И. Заруцкий и Мариной Мнишек появились в Астрахани в 1612 году. У Заруцкого была идея создать в Астраханском крае «южное царство». Воинство Заруцкого в Астрахани представляло собой настоящую банду из волжских казаков и объявивших себя казаками беглых холопов. Они чинили всяческие насилия над астраханскими жителями. Монахи Троицкого монастыря жаловались воеводе Хворостинину, что «Ивашко Заруцкий взял из монастыря паникадило и сделал из него серебряные стремена, а лютерка Маринка, надругавшись над верой православной, устроила при монастыре домовую католическую церковь». Когда же воевода стал укорять Заруцкого, тот приказал схватить Хворостинина и обезглавить. В Астрахань прибыла царская грамота: «… против Государевых изменников Ивашки Заруцково и иных биться до смерти…», не поддерживать притязания на царский престол «Маринки-люторки, еретицы,» и «вора Ивашки Заруцкого». Заруцкий надеялся на поддержку донских казаков, но его надежды не оправдались. Астраханцы, возмущенные действиями, творимыми Заруцким, грозили ему расправой. Поводом к восстанию стал приказ Заруцкого в день Светлого Воскресенья казнить всех подозрительных. На помощь астраханцами прибыл отряд Василия Хохлова. Войска Заруцкого были разбиты.
12 мая 1614 года атаман Заруцкий и Марина Мнишек с сыном «царевичем» Иваном, сопровождаемые небольшим отрядом казаков, бежали к Уралу, где и были пойманы.
Так в Астрахани в начале XVII века происходили события, затрагивающие всё Русское государство. Смутное время было закончено с большими территориальными потерями для Руси, с глубоким хозяйственным упадком. В Астрахани были разгромлены торговые лавки и дома, было убито немало местных жителей.
Интересные факты Астраханской истории прочитала в книге Михаила Рыбушкина «Записки об Астрахани». В книге описаны основные этапы истории Астраханской губернии. Для написания книги автор использовал многочисленные исторические свитки, грамоты и другие бумаги, начиная с XVI века. Сегодня книга является библиографической редкостью, исключительно ценным историческим источником. Автор книги – российский педагог, журналист, редактор, кандидат по Словесному отделению, опубликовавший множество статей в различных изданиях, среди которых также монография «История Казани».